Az Ellenőrzési Osztály a belső ellenőrzés előkészítéséért és megvalósításáért felelős szervezeti egység. A Közgyűlés által elfogadott, éves ellenőrzési terven alapuló belső ellenőrzési tevékenység bizonyosságot adó és tanácsadó tevékenységből áll. A Hivatal belső ellenőrzési tevékenysége kiterjed a Hivatal és az Önkormányzat szervezetén túl az Önkormányzat fenntartásában működő költségvetési szervekre, vagyonkezelőkre, az Önkormányzat többségi befolyása alatt működő, köztulajdonban álló gazdasági társaságokra, valamint az Önkormányzat költségvetéséből céljelleggel juttatott támogatás felhasználásával kapcsolatosan a kedvezményezettre és a lebonyolító szervezetre. Ezen kívül törvényi felhatalmazás birtokában külön megállapodás alapján végez az Ellenőrzési Osztály a nemzetiségi önkormányzatoknál belső ellenőrzést.